到了晚年，因长期服用丹药，造成慢性汞中毒 四肢麻木，不久卧床不起一命呜呼了。（2）、“壬寅宫变”“壬寅宫变”是宫女们意图杀死嘉靖的一次事件。因发生在壬寅年，所以称之为“壬寅宫变”。嘉靖专心崇神修道，迷信方士。他最宠信的方士陶仲文竟唆使嘉靖用童女的经血做原料，制成“元性纯红丹”，说是服后即可长生不老。嘉靖以为得到了仙方，大喜过望，传谕各地官员，挑选貌美健康的童女入宫，以为制药。
为此，陶仲文深得宠信，官衔从少保到少傅直至少师。与此同时，嘉靖又把方士段朝用进奉的“仙物”视为仙药 ，听信让他“深居”的鬼话，下诏让四岁的太子载壑监国，自己则退居后宫，不与外人接触，以祈求道法，苦练修行，自我感觉良好。但是他并未遵循道家“清心寡欲”的教规，而是不断派人到民间挑选淑女，超过数千人。同时还大量征召13、14岁的宫女，采补她们的处女经血，炼制丹药。
为保持宫女们的洁净，在经期不得进食，只能吃桑叶、喝露水。嘉靖多疑暴戾、喜怒无常，经常鞭打宫女。这些女子供他淫乐又被当做奴婢使用，倍受欺凌。宫女们终于忍无可忍奋起反抗，嘉靖二十一年（1542年），宫女杨金英与数名宫女差一点将嘉靖勒死。（3）、“大礼仪” 事件始末正德十六年，十五岁的朱厚熜被内阁首辅杨廷和等拥立为孝宗朱祜樘继承人。
即位典礼后的第五天，为了给死去了的父亲一个比较高的封号，嘉靖下诏让九臣讨论这个问题。不料与朝臣的意见发生了分歧。嘉靖的父亲是兴献王朱右杭，此时嘉靖想尊奉生父为“皇孝”。但按祖制，这是不合礼法的。因为这样一来，先帝就成了“皇叔”。杨廷和等认为，朱厚熜既然是以宗藩入继，就应称孝宗为“皇孝”，而称兴献王为皇叔父，这才是合理合法的。
嘉靖对这种“移易”父母的做法非常不满、要求重议。其实这种礼仪之争根本毫无意义。然而新皇帝是个涉世未深又非常执拗之人。偏偏嘉靖的母亲蒋氏也是个不懂大礼之人，无奈只得让杨廷和等妥议。结果，尊嘉靖生父为兴献帝。从此，嘉靖与杨廷和之间产生了矛盾，于是杨廷和辞职、告老还乡。杨廷和去职后，“大礼仪”之争达到了白热化。
一派以新任礼部尚书汪浚、大学士蒋冕等坚持属守礼法；另一派以张熄等，奉旨不顾礼仪，拼命维护皇帝。这时嘉靖决意抛开内阁一意孤行，强令礼部追尊兴献帝为“本生皇孝恭穆献皇帝”，并令礼部在奉先殿侧另建一室，安放皇孝神主。两派斗争水火不容，七月十五日早朝后，吏部与九卿以下二百三十七人一齐跪在左顺门下，高呼孝宗皇帝。
