3、结构的含义每串佛珠由一个主珠、若干其他的珠子和穿绳三部分组成。主珠代表着佛，穿绳代表着法，若干其他的珠子代表着僧，佛、法、僧三宝都可以包含在一串佛珠之中。所以，对佛珠要有恭敬心，如对圣容，收拾身心。所谓：守口摄意身莫犯，莫恼一切诸有情。4、数目的含义佛珠中，数目较多的是18粒（加上主珠是19粒）和108粒（加上主珠是109粒）。
18代表着十八不共法，这是佛的十八中特有的功德，是其他圣贤所不具备，所以说是不共的；18也代表着十八界：内六根界，外六尘界，加上六识界，共十八界，十八界包含的宇宙中所有现象。108代表着百八烦恼，也就是人的一百零八种烦恼。简单来分这一百零八种烦恼不外乎五盖：贪、嗔、痴、慢、疑，也就是贪婪、怨恨、蠢痴、傲慢、疑惑。
人之所以身心有疾病，之所以本有的无量智慧功德不能显现，就是因为这些烦恼的存在，之所以叫五盖，就是这些烦恼盖着了本有的智慧功德。如果化解了这些烦恼，就同于佛。5、功能的意义虽然佛珠日益扩大为一种佩饰的作用，也就是成为人们一种时尚的饰品，但佛珠本来不是这个功能，而是拔珠计数、念佛掇心的作用。佛教认为：人之所以有各种不如意事，甚至灾祸性的事，都是以前身、口、意没有管好，所谓身口意犯了恶业，比如杀生、偷盗、邪淫、妄语、醉酒。
这些不好的因，导致以后有不好的果。而手持佛珠念佛，一声佛号，拔一下佛珠，就可以有效地管好身口意三业，使不放逸。久而久之，就会远离五盖贪、嗔、痴、慢、疑，就会有好的果报。也就是说，念佛拔珠不是最后的目的， 而是一种手段，一种用来管理身口意方法。目的是为了改正缺点，化解烦恼贪著，恢复本有的圆满智慧功德。佛珠还可以挂在颈部充当挂珠，或缠绕在手臂上起到佩珠的作用，这些都是具有深刻含义的：二手持珠当心上，静虑离念心专注，本尊瑜伽心一境，皆得成就理事法。
设安顶髻或挂身，或安颈上及安臂，所说言论成念诵，以此念诵净三业。由安顶髻净无间，由带颈上净四重，手持臂上除众罪，能令行人速清净。若修真言陀罗尼，念诸如来菩萨名，当获无量胜功德，所求胜愿皆成就。另外，密教的经典对掐捻佛珠的指法也有详细规定。从五部而言，《摄真实经》中记载：佛部以右手拇指与食指掐之，金刚部以右手拇指与中指，宝部以右手拇指与无名指，莲花部以右手拇指与小指，羯磨部以右手拇指与其余四指合捻之。
从三部而言，《苏悉地经》中记载：佛部以右手拇指与其余四指的指尖相合，中指与小指直立，食指略屈附于中指中节以掐之；莲花部以拇指与中指指尖相合，舒展其余三指而掐之；金刚部以拇指与食指指尖相合，舒展其余三指而掐之。拿念珠的方法将念珠展开，右手四指下托，念佛或持咒时，从母珠（最大的那一粒）旁的第一珠起，母指下掐（
