韩遂等人在凉州起兵，董卓又被任命为中郎将，统军西进抗击韩遂。在望垣硖北，董卓军被羌人万人包围，军粮断绝。 董卓假装要捕鱼，在回军路上需要渡过的河中筑坝截流，使数十里的水流静止不动，暗中率领军队从坝下通过后再决开堤坝。等着羌人军队听说消息后追来，河水已经很深，不能渡过了。 当时朝廷派出六支军队进兵陇西，五支军队大败而回，只有董卓一支全军而返，驻扎在扶风。
朝廷任命他为前将军，封斄乡侯，后又征调他出任并州牧。 奉命进京，军权独揽 汉灵帝去世，汉少帝继位，大将军何进与司隶校尉袁绍谋划诛灭众宦官。何太后不同意，何进于是征招董卓，让他率领军队到京师，并暗中命董卓为朝廷上书说：“中常侍张让等人窃取并仰仗皇帝的宠爱扰乱天下，从前赵阳发动晋阳的军队来驱逐君主身边作恶的人，臣下我集合将士来到洛阳，就是要讨伐张让这些人。
” 何进此举的目的是想胁迫太后同意他的计划，董卓还没有到京城，何进已经事败身亡，中常侍段珪等人劫持少帝逃至小平津。董卓便率领将士到北芒山迎接少帝，保护少帝返回宫中。当时何进的弟弟车骑将军何苗，被何进手下将士杀掉。何进、何苗的部众没有归属，便都依附了董卓。董卓又指使吕布杀掉执金吾丁原，吞并了他的部队，所以京师的兵权只掌握在董卓一个人的手里。
废立扬威，凶残不仁 这时董卓以很长时间不下雨为借口，迫使少帝下令罢免司空刘弘，而由自己出任司空，不久升任太尉，又让少帝授予他符节及虎贲卫士。董卓废黜少帝为弘农王，随即又杀掉弘农王和何太后，改立灵帝的小儿子陈留王刘协，这就是献帝。董卓升任相国，并让献帝封她的母亲为池阳君，并为母亲设置家令、家丞等官员。
董卓率领精锐部队来到京师后，正赶上朝廷大乱，所以能够独断自主做废立皇帝这样的大事，控制了朝廷的武库和军队，占有国家的珍宝，威震天下。董卓生性残忍暴虐，于是用严刑酷法来威慑众人，睚眦必报，满朝官员人人都害怕自己不能保全性命。他曾经派遣军队到阳城，当时正好赶上二月初二，百姓都在设灶下拜祭神灵。军队的士兵冲上去，砍下所有男子的头颅，驾驶他们的车辆和牛，装载着妇女财物，把砍下的头颅拴系在车辕和车轴上，一辆挨一辆回到洛阳，并说是攻击盗贼所缴获的，士兵们高呼万岁。
军队进入开阳门后烧掉带回来的头颅，把妇女们分给士兵做婢女侍妾。董卓甚至还进入宫中，奸淫宫女和公主，他的凶残叛逆就是这样。迁都洛阳，权倾朝野 河内太守王匡派遣泰山郡的军队，驻扎在河阳津准备进军洛阳讨伐董卓。董卓派出一支疑兵做出要从平阴渡河的态势，然后暗中派遣一支精锐部队从小平津北渡过黄河，绕到王匡的军队后面发动突然袭击，在河阳津北大败王匡军，王匡的军队几乎全军覆灭。
