颜色是我们对于彩色宝石最直观的认知，虽然我们可以直接通过肉眼区分红橙黄绿青蓝紫，但是对于颜色的成因，用肉眼观察是无法实现的。同类宝石，相似的颜色，由于致色元素的不同，宝石的亚种也就不同，价值自然各异。市场上帕拉依巴碧玺容易和普通碧玺混淆，特别是绿色的帕拉依巴和普通的绿色碧玺，颜色十分接近。绿色帕拉依巴普通绿色碧玺那二者的紫外光谱又会是怎样的呢？绿色帕拉依巴紫外普通绿色碧玺紫外通过紫外光谱，我们可以快速地区分二者。
7.3.X射线荧光光谱仪（EDXRF）X射线荧光光谱仪紫外可以指示致色元素的种类，EDXRF不仅可以告诉我们元素的种类，还可以告诉我们元素含量的多少。EDXRF的检出限一般为几十到几百个ppm（ppm：百万分之一）。每种天然宝石的元素组成是有其特定规律的，如果忽略了这种规律的客观性，将会出现对宝石的误判。
（1）错误判断宝石处理方式。例：红宝石铅玻璃充填判定在天然红宝石中，Pb（铅）这种元素是几乎检测不到的，但是在铅玻璃充填红宝石中，我们可以检测到几千甚至是几万个ppm的铅。高含量铅的出现为铅玻璃充填红宝石的判定提供了可靠的依据。若无法得到元素的信息，仅靠经验判断充填物的种类，这种结论是无据可循且漏洞百出的。
铅玻璃充填红宝石（2）错误判断宝石产地。例：莫桑比克红宝与缅甸红宝产地判定缅甸红宝石的紫外荧光通常比莫桑比克的较强，究其原因在于Fe和Cr元素含量比值的差别。XRF可以将荧光强弱这种感官的差别量化，通过Fe和Cr元素的具体含量，使产地判断更加科学严谨。莫桑比克（左）与缅甸红宝石（右）在长波紫外光下的荧光特征缅甸红宝石和莫桑比克红宝石Fe元素差别当然XRF可以给我们的信息远不止于此。
7.4.显微拉曼（Micro-Raman）显微拉曼仪显微拉曼将显微镜和拉曼光谱仪结合，可以对焦定点测试包裹体。宝石包裹体种类的判断对产地判断的指示意义重大。哥伦比亚祖母绿常出现三相包体，其中气相为CO2，不同成矿区形成的祖母绿中CO2的性质存在微小差异。通过拉曼光谱检测祖母绿中的CO2，有助于判断哥伦比亚祖母绿的具体矿区。
木佐Muzo契沃尔Chivor木佐Muzo契沃尔Chivor祖母绿三相包体契沃尔祖母绿二氧化碳双峰距离小于木佐祖母绿 7.5.激光诱导击穿光谱仪（LIBS）LIBS和XRF的功能相似，均常用于测量宝石元素种类及含量。相较于XRF，LIBS可以测到元素种类更多，甚至可以检测到铍（Be）等轻元素。Be元素的检测对橙色、黄色蓝宝石及一些“帕帕拉恰”的颜色成因检测至关重要。
传统Fe-Ti扩散因为原子半径较大，元素无法进入宝石内部，颜色仅存在于表面或相对集中于裂隙处。因此，在显微镜下较易观察到颜色沿棱线浓集的现象，较易鉴定。Fe、Ti扩散处理蓝宝石表面扩散蓝宝石颜色富集在棱线铍的原子半径较小，经扩散处理可进入宝石内部。铍扩散蓝宝石在显微镜下可观察到经高温处理的特征，可作为辅助鉴定依据。
